Село переходило от одного владельца к другому, но каждый из них считал своим долгом заботиться о храме Божием. Так в 1756 году князь Петр Борисович Черкасский подал прошение в Московскую Духовную Консисторию о строительстве нового храма, так как старая церковь «весьма ветха и мала» (а приход храма в то время насчитывал 94 двора, мужского пола 331, женского 267 душ). В 1758 году новая церковь, тоже деревянная, украсила Кленово. В 1770 году, после смерти отца, князь Петр Петрович Черкасский просит разрешение пристроить к храму теплый придел во имя святых апостолов Петра и Павла. В этом же году придел был построен и освящен.
К 1793 году усердием вдовы Петра Петровича, княгини Марии Черкасской, вместо деревянной церкви возведен величественный каменный храм в переходных формах от позднего барокко к классицизму (в нем, как и ранее, два придела – св. Николая и св. апостолов Петра и Павла). Строительство шло четыре года. На средства М.А. Черкасской в храме устанавливается иконостас и расписываются стены сюжетами на евангельские притчи. Княгиня–храмоустроительница была погребена в склепе близ алтаря. Ныне на этом месте, увы, только пустырь.
В 1812 году храм разграбили войска Наполеона, они унесли всё, что можно было унести и сожгли документы. В последующие годы, вплоть до октябрьского переворота 1917 года, храм украшался и поддерживался в благолепии.
В 1871 году в память об избавлении от эпидемии холеры жители Кленово и окрестных деревень предложили устроить в трапезной части храма ещё один придел – в честь Владимирской иконы Божией Матери. Половину расходов по устройству придела взял на себя потомственный почетный гражданин города Москвы Николай Иванович Колесов. Вскоре был освящен новый престол. Из часовни д. Свитино переносят в храм издавна почитаемую Владимирскую икону.
В 1888 – 1890 г.г. усердием церковного старосты - крестьянина деревни Зыбино - Кирилла Митрофанова в храме были обновлены живопись и позолота на иконостасе, позолочены кресты. В эти же годы на колокольню устанавливают новый колокол весом в 100 пудов (1600 кг) в дополнение к другому исполину весом 174 пуда. На средства московского купца Александра Ивановича Шамшина (владелец усадьбы Клёново с 1876 года) пол в храме выстилается подольским мрамором.
В 1903 году А.И. Шамшин строит при храме богадельню во имя святой великомученицы Варвары – последнее земное прибежище для больных, одиноких и бедных жителей Кленово и окрестных деревень. Революционные вихри не пощадили храм – в 1927 году он был закрыт (а вместе с ним и богадельня), а в 1933 году превращен в зернохранилище. Разграблен и вывезен иконостас, пропали иконы, богослужебные сосуды, церковная утварь, светильники, подсвечники, облачения – всё то, что по копеечке собиралось не одним поколением православных людей. Последний приходской батюшка – Николай Вознесенский – по доносу жителей был сослан в северные лагеря и дальнейшая его судьба неизвестна. Кладбище вокруг храма уничтожено и на его месте (т.е. на могилах) вплоть до недавнего времени стояли сараи. Позже церковь использовали как общежитие, магазин и, наконец, она пришла в полное запустение и являла собой весьма унылое зрелище.
В 1991 году поруганный и обезображенный храм был передан Русской Православной Церкви. 26 октября 1991 года, в день празднования Иверской иконы Божией Матери, вновь образована православная община. И с этого дня началось трудное и медленное его возрождение. Первый настоятель храма, священник Александр Катков, не жалея сил и времени, в тяжелых условиях неустроенного быта, десять лет трудился над его восстановлением.
С Божьей помощью, нашлись и те, для кого воссоздание храма стало делом чести – его благотворители и благоукрасители. Драгоценной жемчужиной храма является 16-метровый резной позолоченный иконостас. В обрамлении белых стен он предстает как вестник красоты иного мира. Более двух лет (с 2001 по 2004 г.) иконостас создавали наши современники – русские мастера из Нижнего Новгорода.